Auf Anordnung von Erzbischof Heinrich II. von Köln wurde nach dem Tod der Äbtissin Agnes von Arnsberg 1310 das Damenstift in ein Stift für männliche Kanoniker umgewandelt. Zur Gemeinschaft gehörten etwa 15 Mitglieder. Von ihnen sollten möglichst 7 Priester sein, hinzu kamen 4 Diakone und die übrigen waren Subdiakone. Diese standen unter der Leitung eines Propstes, der im Wesentlichen die Rechte der ehemaligen Äbtissin hatte. Erster Propst war Johannes von Arnsberg. Die Kanoniker waren keine Mönche, sondern eine Gemeinschaft von Weltpriestern, die verschiedene Aufgaben haben konnten und die gemeinsamen Einkünfte unter sich aufteilten. Da die anfänglichen Einkünfte nicht ausreichten, wurden 1319 die Pfarrstellen in Hellefeld, Calle, Remblinghausen und Eslohe mit ihren Einkünften inkorporiert. Nach dem Neuanfang verlor im Stift allmählich der hohe Adel an Bedeutung. Neben Mitgliedern aus niederem Adel traten zunehmend Bürgerliche. Die Kanoniker lebten nicht in einer klosterähnlichen Gemeinschaft, sondern hatten in der Nähe des Stifts eigene Wohnhäuser, die sich durch ihre Bauweise aus Stein von den Fachwerkhäusern der Stadtbewohner abhoben. Zum Teil verfügten die Angehörigen des Stifts noch über weitere kirchliche Ämter und Pfründe etwa als Domherren. Allerdings verhinderte eine Residenzpflicht die Vernachlässigung der Stelle in Meschede. Ihre Aufgabe war vor allem der Dienst als Pfarrer in den Kirchen der Umgebung und Lehrer an der Stiftsschule.
Nordportal der St.-Walburga Kirche, Foto: Stefan Didam
Über deren Entwicklung ist nur wenig bekannt, sie hatte aber als Gelehrtenschule einen durchaus guten Ruf. Für ihre Bedeutung spricht die relativ hohen Zahl von Studenten aus Meschede an den Universitäten in Erfurt und Köln. In Meschede wirkte als Scholaster auch Franco von Meschede, der verschiedene geistliche Dichtungen in lateinischer Sprache verfasste. Aus der Übergangszeit zwischen Damenstift und Kanonikerstift stammt eine Handschrift (Codex Guelf. 58.4 Aug. 8°), die vermutlich aus dem Umfeld des Stiftes Meschede stammt und Übersetzungen religiöser Texte in das Niederdeutsche enthält.
Seit dem 17. Jahrhundert ging die Bedeutung des Stifts zurück. Dazu trugen Teuerungen und Kriege bei, so wurden Stift und Gemeinde Meschede zwischen 1568 und 1606 mehrfach geplündert. Negative Einflüsse hatten auch der Dreißigjährige Krieg, der Siebenjährige Krieg und schließlich die Koalitionskriege. Hinzu kam, dass seit dem 17. Jahrhundert trotz Residenzpflicht die Pröpste (wie etwa Johann Gottfried von Fürstenberg) durch andere Ämter etwa als Domherren beansprucht waren und ihre Aufgaben in Meschede vernachlässigten. In der Folge wurde die Schule geschlossen.
Das Stift bestand bis zur Aufhebung im Jahr 1805. In der Folge wurde der Besitz säkularisiert und auch zahlreiche Kunstwerke wie der Hitdakodex weggeführt.